En el término municipal del Real Sitio de San Fernando de Henares se incluyen espacios protegidos amparados por diversas figuras de protección:

• Parque Regional en torno a los cursos bajos de los ríos Jarama y Manzanares (Parque Regional del Sureste).
• Zona de Especial Protección para las Aves “Cortados y cantiles de los ríos Jarama y Henares”.
• Lugar de Interés Comunitario “Vegas, cuestas y páramos del Sureste”.
• Lagunas de Cerro Gordo, incluidas en el Inventario Nacional de zonas húmedas y el Catálogo de Humedales de la Comunidad de Madrid.

Estas medidas conservacionistas tienen que ver con el importante valor ambiental de este territorio, una campiña de transición entre la sierra de Guadarrama, al norte, y la fosa del Tajo al sur, espacios que conecta a modo de corredor, gracias sobre todo a los ejes fluviales que lo atraviesan. Estos ambientes fluviales han favorecido la existencia de abundantes y diversas manifestaciones geomorfológicas (terrazas, coluviones, conos de deyección, fondos de valle) sustentadas sobre materiales de tipo arenoso, limoso y gravas poligénicas.

Aunque el grado de desarrollo humano alcanzado es muy elevado en el territorio, aún existen manifestaciones de la calidad de los hábitats locales, principalmente aquellos ligados a los ríos, pero también a sus laderas y a las campiñas aledañas, medios que sustentan aún hoy a importantes y señeras especies de flora y de fauna.